Os três componentes básicos do Sistema Estomatognático são: a Articulação Temporomandibular (ATM), os músculos da mastigação e o complexo dento periodontal, todos com ligação direta com o Sistema Nervoso Central, consciente ou inconscientemente. Esta interligação íntima resultará num sistema de interdependência mútua de todos os elementos citados.
Assim, a condição de qualquer um desses componentes é influenciada não apenas por estímulos externos, mas também por quaisquer alterações que venham a ocorrer nos outros componentes internos, principalmente os fatores emocionais. Os mecanismos influentes podem ser diretos ou indiretos, sendo os últimos, transmitidos através do Sistema Nervoso Central. 
O comando central recebe informações de vários tipos (pressão, dor, mudanças de temperatura, tração, etc...), através de receptores localizados na cavidade oral, músculos e nas ATMs, a partir destas informações, são determinadas as alterações necessárias para o funcionamento correto do sistema.
Portanto, pode-se concluir que quando atuamos com as técnicas funcionais ( aparelhos ), nos pacientes disfuncionados, mudando a postura da mandíbula terapeuticamente, visando formar novos circuitos neurais mais fisiológicos, estamos alterando completamente as relações acima citadas, apagando os reflexos nervosos patológicos e propiciando a formação de novos, mais adequados.
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